La Secretaría del MERCOSUR es órgano que presta asesoría técnica a los otros órgano del Mercosur. Está fue creada en 1994 a través del Protocolo de Oro Negro. Desde diciembre de 1996 ella esta situada en carácter permanente en la ciudad de Montevideu , Uruguay. En su concepción original el órgano fue creado sólo como órgano operacional responsable por la prestación de servicios a los demás órganos del MERCOSUR. Siendo estos:
Sin embargo desde 2002 la Secretaría del Mercosur, ganó nuevas atribuciones en el Sector de Asesoría Técnica, dando una abrangência más macro al órgano.
Actualmente, la Secretaría está dividida en tres sectores, en consonancia con la Resolución GMC Nº 01/03 del Grupo Mercado Común. 